Servizio analisi qualitativa del DNA e RNA
con chip Nano, Pico, Small, DNA HD Agilent BioAnalyzer.
Servizio estrazione RNA Totale e miRNA
Per evitare la degradazione dell’RNA è necessario che i campioni siano conservati dal momento del prelievo in una soluzione stabilizzante (Invitrogen-Trizol) e spediti in ghiaccio secco.
Servizio spottaggio
Il servizio spottaggio è rivolto a tutti gli utenti che possiedono proprie collezioni di oligonucleotidi o prodotti di PCR o proteine che desiderano depositare con layout personalizzati su qualsiasi tipo di vetrino.
Espressione Genica: mRNA e miRNA (Agilent)
Il servizio dà un supporto scientifico-operativo nello studio dei profili di espressione mediante piattaforme Agilent anche sintetizzate su misura offrendo i seguenti servizi:
- Estrazione dell’RNA totale
- Quantizzazione dell’RNA e saggio di qualita’ mediante Nano, Pico o Small Chips (Agilent 2100 Bioanalyzer)
- Amplificazione e marcatura dell’mRNA mediante “one or two color amplification” o marcatura dei miRNA
- Ibridazione dinamica in forno dedicato Agilent
- Scansione mediante DNA Microarray scanner Agilent con risoluzione da 3 micron
- Analisi dei dati con lista dei geni/miRNA differenzialmente espressi
- Ulteriori analisi statistiche
Microarray Analisi dati
Il personale del MicroCRIBI effettua analisi a partire dai dati grezzi da mRNA e miRNA:
- normalizzazione dei dati di intensità (normalizzazione globale, SVN, lowess, per quantili);
- lista dei geni/miRNA differenzialmente espressi (SAM, t-test);
- raggruppamento per Gene Ontology, diagrammi di Venny, ricerca dei Pathways più significativi;
- individuazione di geni target dei microRNA d'interesse e analisi di anticorrelazione;
- integrazione tra profili d’espressione genica e profili di miRNA;
- analisi statistiche di correlazione tra dati clinici e dati d’espressione;
- analisi cluster di esperimenti multipli (Hierarchical clustering, K-means clustering, ecc.);
