Le collezioni didattiche di Anatomia Comparata e Zoologia conservate presso il Dipartimento di Biologia dell'Università di Padova sono state create nel tempo, successivamente alla donazione all'Università delle raccolte di Antonio Vallisneri (1733).
Le collezioni, appartenute all'Istituto e Museo di Zoologia, Anatomia Comparata e Genetica, furono divise in due unità quando, nel 1984, fu creato l'attuale Dipartimento di Biologia: il materiale che veniva solitamente usato per le esercitazioni didattiche venne trasferito nel nuovo Dipartimento di Biologia e costituisce parte delle attuali collezioni di Anatomia Comparata e Zoologia, mentre il rimanente materiale, che rappresenta la gran parte della collezione originale, è oggi conservato presso il Museo di Zoologia.

Nel medesimo anno, con l'afferenza al Dipartimento di Biologia anche dell'Istituto di Botanica e Fisiologia Vegetale, le collezioni didattiche si arricchirono del materiale sul quale si articolavano le esercitazioni svolte, fino a quel momento, presso la storica sede dell'Orto Botanico.

Oltre al materiale proveniente dall'Istituto e Museo di Zoologia, Anatomia Comparata e Genetica e dall'Istituto di Botanica e Fisiologia Vegetale, le attuali collezioni comprendono preparati acquistati nel corso degli anni da parte dei docenti, donati da fonti svariate oppure frutto di allestimenti da parte di ricercatori e del personale tecnico interni al Dipartimento stesso.

L'entità complessiva delle collezioni, molto eterogenee e comprendenti animali tassidermizzati, preparati in liquido di vertebrati ed invertebrati, di piante ed alghe, exicata, preparati osteologici, modelli in plastica e in cera di animali, di piante e di organi, preparati microscopici (vetrini di istologia animale, vegetale ed umana; vetrini di embriologia comparata; vetrini di invertebrati, protozoi, ecc.) e scatole entomologiche, è oggigiorno stimata in circa 2.000 preparati macroscopici e circa 17.000 vetrini.
Accanto a tale materiale, il Dipartimento annovera anche circa 900 tavole parietali, di cui all'incirca 140 di ingente valore storico in quanto afferenti alla serie di Leuckart e collaboratori, a quella di Pfurtscheller e alla Collection Rémy Perrier & Cépède, che risalgono alla fine dell'Ottocento-inizi del Novecento.

Dal 2006 è in atto un progetto di riordino globale e di catalogazione delle collezioni didattiche di Anatomia Comparata, Botanica e Zoologia, con creazione di un database in formato elettronico.

Il progetto, scaturito da molteplici esigenze derivanti dalla mancanza di una documentazione puntuale sulla composizione delle collezioni didattiche, ha svariate finalità, quali l'approfondimento della conoscenza del materiale posseduto dal Dipartimento e quindi del suo valore, il superamento delle esistenti difficoltà di gestione del materiale, l'ottimizzazione dell'utilizzo a fini didattici delle risorse già disponibili, l'orientamento adeguato degli interventi di manutenzione, di recupero e dei nuovi acquisti.
Le attività, tuttora in corso, di riordino e di catalogazione delle collezioni didattiche stanno in effetti già dando enormi benefici in termini di gestione ed efficienza di utilizzo del materiale e, di conseguenza, in termini di qualità dell'offerta didattica.

Il database in formato elettronico delle collezioni didattiche è realizzato sulla base delle schede catalografiche e relative normative a validità nazionale redatte dall'Istituto Centrale per il Catalogo e la Documentazione (ICCD). L'Istituto fa parte del Ministero per i Beni e le Attività Culturali (MIBAC) e ha redatto le schede nell'ambito di un progetto globale di registrazione, descrizione, classificazione e documentazione delle diverse tipologie di beni culturali esistenti sul territorio italiano.