Viral lysis and host reprogramming impact carbohydrate, amino acid, and osmolyte cycling in salt-marsh tidal creek sediments
Pubblicato il: 15.09.2026 17:56
What's in the news?
A multidisciplinary study, funded by PNRR–Next Generation EU, resolved the identity and functional roles of microbes driving organic matter transformations in salt-marsh sediments of the Venice lagoon, and quantified the impact of abundant viruses on these processes in parallel (doi: 10.1093/ismeco/ycag184). We reconstructed 311 microbial genomes (MAGs), measured 121 metabolites, and identified 3,537 viral quasi‑species (vOTUs). Next, we generated 311 genome-wide metabolic models (GEMs), inferring host‑virus relationships for 243 vOTUs, and described how virus-induced lysis and metabolic reprogramming modulate host processes.
What is the problem?
Salt marshes are vegetated, mostly emerged habitats that support the ecological resilience of coastal lagoons. Understanding how sediment microbiomes -continuously shaped by tidal dynamics and seasonal variability- contribute to soil formation and halophilic vegetation is essential to counteract erosion and marsh loss.
What is the perspective?
Full access to methods and data can stimulate new hypothesis-driven research on salt marsh preservation and restoration.
Full text link:
https://academic.oup.com/ismecommun/article/6/1/ycag184/8722776
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Quale la novità?
Uno studio multidisciplinare, finanziato dal PNRR–Next Generation EU, ha risolto l’identità e i ruoli funzionali dei microbi che guidano le trasformazioni della materia organica nei sedimenti delle paludi salmastre della laguna di Venezia, quantificando parallelamente l’impatto di abbondanti virus su tali processi (doi: 10.1093/ismeco/ycag184). Abbiamo ricostruito 311 genomi microbici (MAG), misurato 121 metaboliti e identificato 3.537 quasi‑specie virali (vOTU). Abbiamo quindi generato 311 modelli metabolici a scala genomica (GEM), dedotto relazioni ospite‑virus per 243 vOTU e infine descritto come la lisi e la riprogrammazione metabolica indotte dai virus modulano i processi dell’ospite.
Quale il problema?
Le barene sono habitat vegetati, per lo più emersi, che sostengono la resilienza ecologica delle lagune costiere. Comprendere come i microbiomi dei sedimenti -modellati continuamente dalle dinamiche delle maree e dalla variabilità stagionale- contribuiscono alla formazione del suolo e alla vegetazione alofila è essenziale per contrastarne l’erosione e la perdita.
Quale la prospettiva?
L’accesso libero a metodi e dati può stimolare nuove ricerche mirate alla conservazione e al ripristino delle paludi salmastre.
Link per la lettura:
https://academic.oup.com/ismecommun/article/6/1/ycag184/8722776
