The genome of bivalve mollusk Chamelea gallina (Lupino di mare) has been sequenced!
Pubblicato il: 08.04.2026 14:49
What's new?
We have published the first chromosome-scale genome of the bivalve mollusk Chamelea gallina!
A genome of 1.81 Gb (billions of nucleotides) distributed across 19 linear chromosomes, including
as many as 58,203 protein-coding genes and lots of repeats (54.4%).
To assemble this genome, we generated sequencing libraries that resulted in long (PacBio HiFi),
short (Illumina) sequences, and sequences useful for reconstructing individual chromosomes (Hi-C
scaffolding).
This is the result of collaboration on a research project conducted by the Zooprophylactic Institute
of Teramo (Dr. F. Di Giacinto) and a co-financing to DiBIO by the European Reference Genome Atlas -Biodiversity Genomics Europe (ERGA-BGE), which coordinates and supports the production of high-quality, annotated, reference
genomes.
What's the problem?
Fishing for this small clam, called the striped Venus clam or lupino di mare, is important to the
economy of the Adriatic coasts and other European countries (it is sold at a minimum
commercial size of 22 mm in Italy and has a delicious taste).
The decline in natural populations, observed over the past two decades and attributed to
overfishing and environmental changes, calls into question the biological and economic
sustainability of the C. gallina fishery.
What is the perspective?
Precise knowledge of the genome enables new investigations aimed at understanding the
biology of C. gallina and improving the management of fishing activity, while providing
knowledge useful for quality and traceability certifications of the product.
The full article can be found at the following link:
Chromosome-level genome assembly of the striped venus clam Chamelea gallina | Scientific Data
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Qual è la novità?
Abbiamo pubblicato il primo genoma a scala cromosomica del mollusco bivalve Chamelea gallina:
è un genoma composto da 1,81 Gb (miliardi di nucleotidi) distribuiti in 19 cromosomi lineari;
abbiamo identificato ben 58’203 geni codificanti proteine e tante regioni ripetute (54,4% del
genoma).
Per assemblare questo genoma abbiamo generato librerie di sequenziamento risultanti in
sequenze lunghe (PacBio HiFi) , corte (Illumina) e sequenze utili a ricostruire i singoli cromosomi
(Hi-C scaffolding).
Questo è il risultato della collaborazione a un progetto di ricerca dell’Istituto Zooprofilattico di
Teramo (Dott.ssa F. Di Giacinto) e del cofinanziamento a DIBIO da parte dell’European Reference Genome Atlas -Biodiversity Genomics Europe (ERGA-BGE), che coordina e sostiene la produzione di genomi di riferimento annotati e di
alta qualità.
Qual è il problema?
La pesca di questa piccola vongola, detta Venere striata o lupino di mare, è importante per
l'economia delle coste dell’Adriatico e di altri paesi europei (è venduta da noi a taglia commerciale
minima di 22 mm ed ha un gusto delizioso).
Il declino delle popolazioni naturali, osservato negli ultimi due decenni e imputato a pesca
eccessiva e alterazioni ambientali, mette in dubbio la sostenibilità biologica ed economica
dell’attività di pesca di C. gallina.
Qual è la prospettiva?
La conoscenza precisa del genoma consente nuove indagini volte a comprendere la biologia di C.
gallina e a migliorare la gestione dell'attività di pesca, fornendo al contempo conoscenze utili a
certificazioni di qualità e di tracciabilità del prodotto.
L'articolo completo al link seguente:
Chromosome-level genome assembly of the striped venus clam Chamelea gallina | Scientific Data
